Segundo filme baseado nas aventuras dos X-Men da Marvel, um grupo de super-heróis mutantes genéticos que lutam contra uma sociedade que os discrimina. Depois de um ataque perpetrado por um mutante, as pessoas começam a receá-los ainda mais e exigem do poder político um recenseamento de todos os mutantes. Na linha da frente de combate, está William Striker, um militar vingativo que no passado fez experiências com mutantes. Striker acciona então um programa anti-mutante, para exterminar por completo a espécie, e começa por lançar um ataque à mansão do Professor Xavier. Com o destino do professor e da humanidade nas mãos, os X-Men vão ter de enfrentar a sua batalha mais dura na luta contra o racismo.