"The Bourne Supremacy" continua a história de Jason Bourne, um assassino de elite, que ficou amnésico e continua a ser atormentado por imagens de um passado de que tentou afastar-se. Bourne e Marie (Franka Potente), que o ajudara na busca pela sua verdadeira identidade e na tentativa de descobrir por que motivo tantas pessoas desejavam vê-lo morto, mantiveram, nos últimos anos, uma existência anónima. Bourne afastara-se da sua vida de assassino, prometendo retaliar se voltassem a tentar contactá-lo. Mas um agente especial aparece na aldeia em que o casal está escondido e Bourne é obrigado a pegar outra vez nas suas armas para conseguir sobreviver.